✎ gnuplot [Wiki ubuntu-fr]

Vous affichez une ancienne révision du document ! Si vous l'enregistrez, vous créerez une nouvelle version avec ce contenu.

----

====== Gnuplot ======

**Gnuplot** est une puissante interface pour la représentation graphique de données provenant d'un fichier texte. Il peut soit afficher l'image, soit enregistrer une image dans divers formats, y compris LaTeX.

Par exemple, dans un processus de calcul numérique, il est souvent intéressant de stocker régulièrement les paramètres principaux du schéma (erreur, résidu, n° de l'itération, différents indices, etc.). Le plus simple étant de générer un fichier texte associé au calcul, dans lequel on range les données par colonne.

\\

===== Pré-requis =====

* Disposer des [[:sudo|droits d'administration]].
  * Disposer d'une connexion à Internet configurée et activée.

===== Installation =====

**Gnuplot** est possiblement installé par défaut dans certaines versions Ubuntu (mais pas sous [[:Lucid]]). S'il n'est pas actuellement installé sur votre PC, vous avez plusieurs méthodes. Pour une utilisation ponctuelle, préférer la première.

==== Depuis les dépôts ====

[[:tutoriel:comment_installer_un_paquet|Installez le paquet]] **[[apt://gnuplot|gnuplot]]**.

==== À partir des sources ====

Indispensable pour pouvoir profiter des options de [[gnuplot#Completion Bash et Historique|complétion et d'historique]]. C'est pour cette raison que cette doc a été écrite.

Les sources de la dernière version de gnuplot sont disponibles sur [[http://sourceforge.net/projects/gnuplot/files/|sourceforge]]. Cette dernière version, numérotée 4.4, apporte plusieurs nouveautés dont l'intégration d'un terminal lua/tikZ (export vers code LaTeX/tikZ destiné à être compilé via pdfLaTeX pour produire un fichier pdf) et la gestion de la transparence. Ne pas hésiter à jeter un coup d'œil à la documentation et FAQ disponibles (en anglais) sur le [[http://www.gnuplot.info/|site officiel]]

Après avoir téléchargé les sources, se référer au fichier INSTALL contenu dans l'archive. Afin de bénéficier du terminal tikZ (paquet liblua5.1-0-dev nécessaire) il est important d'ajouter un lien symbolique par la commande suivante :

ln -s /usr/lib/pkgconfig/lua5.1.pc  /usr/lib/pkgconfig/lua.pc

Ou bien sur un système 64-bit :

ln -s /usr/lib/liblua5.1.so /usr/lib/liblua.so

L'installation peut alors se dérouler en se plaçant dans le répertoire issu de la décompression de l'archive et en utilisant les commandes suivantes :

./configure
  make
  sudo checkinstall

===== Utilisation =====

Nous rassemblons ici quelques commandes de base pour l'utilisation de ce logiciel. [[http://www.gnuplot.info/documentation.html|Le site officiel]] de Gnuplot est inévitable pour un utilisateur plus exigeant.

==== Directement dans un terminal ====

Pour lancer Gnuplot, dans un [[:terminal]], taper :

gnuplot

Gnuplot se lance alors directement dans la fenêtre active du terminal, et on obtient quelque chose qui ressemble à ça :
<code>
alarat@troll:~/High_Order$ gnuplot

G N U P L O T
        Version 4.0 patchlevel 0
        last modified Thu Apr 15 14:44:22 CEST 2004
        System: Linux 2.6.15-27-686

Copyright (C) 1986 - 1993, 1998, 2004
        Thomas Williams, Colin Kelley and many others

This is gnuplot version 4.0.  Please refer to the documentation
        for command syntax changes.  The old syntax will be accepted
        throughout the 4.0 series, but all save files use the new syntax.

Type `help` to access the on-line reference manual.
        The gnuplot FAQ is available from
                http://www.gnuplot.info/faq/

Send comments and requests for help to
 <gnuplot-info@lists.sourceforge.net>
 Send bugs, suggestions and mods to
 <gnuplot-bugs@lists.sourceforge.net>

Terminal type set to 'x11'
gnuplot>
</code>

Si vous n'obtenez pas ça, c'est que Gnuplot n'est pas (ou est mal) installé.

Pour créer un graphe, dans cette ligne taper la commande :

<code>
plot 'adresse_du_fichier_a_ploter' using colonne_valeurs_abscisse:colonne_valeurs_ordonnee
</code>

L'option 'using' peut être raccourcie en 'u'. 
Par défaut, Gnuplot représente un nuage de points. Pour obtenir une ligne brisée, il faut ajouter l'option 'with lines', qui dans sa version raccourcie devient 'w l'.

Ainsi, pour afficher la ligne brisée représentant la cinquième colonne en fonction de la première colonne du fichier "Resultats", se trouvant dans le dossier père du dossier dans lequel on a lancé Gnuplot, on doit taper la commande : 
<code>
plot '../Resultats' u 1:5 w l
</code>

Cet exemple peut être essayé avec ce fichier, qui représente diverses fonctions  mathématiques (cette commande tracera donc la fonction exponentielle) :

<file gnuplot Resultats>
x cos sin log exp
0 1 0 -inf 1 
0.1 0.995004 0.0998334 -2.30259 1.10517
0.2 0.980067 0.198669 -1.60944 1.2214
0.3 0.955336 0.29552 -1.20397 1.34986
0.4 0.921061 0.389418 -0.916291 1.49182
0.5 0.877583 0.479426 -0.693147 1.64872
0.6 0.825336 0.564642 -0.510826 1.82212
0.7 0.764842 0.644218 -0.356675 2.01375
0.8 0.696707 0.717356 -0.223144 2.22554
0.9 0.62161 0.783327 -0.105361 2.4596
1 0.540302 0.841471 -1.11022e-16 2.71828
1.1 0.453596 0.891207 0.0953102 3.00417
1.2 0.362358 0.932039 0.182322 3.32012
1.3 0.267499 0.963558 0.262364 3.6693
1.4 0.169967 0.98545 0.336472 4.0552
1.5 0.0707372 0.997495 0.405465 4.48169
1.6 -0.0291995 0.999574 0.470004 4.95303
1.7 -0.128844 0.991665 0.530628 5.47395
1.8 -0.227202 0.973848 0.587787 6.04965
1.9 -0.32329 0.9463 0.641854 6.68589
2 -0.416147 0.909297 0.693147 7.38906
</file>
{{::gnuplot:gnuplot2.png?direct&200 |}}
\\

Il s'ouvre alors une nouvelle fenêtre pour l'affichage du graphique.

Maintenant, si on veut rajouter le nuage de points représentant la troisième colonne en fonction de la deuxième colonne du fichier "Nouveau_Resultats" du dossier courant, sur cette même représentation graphique, il faut taper la commande : 
<code>
plot '../Resultats' u 1:5 w l, 'NouveauResultats' u 2:3
</code>

Il existe des raccourcis clavier pour activer des options directement sur la fenêtre de représentation graphique. 
Ainsi, si l'on tape 'l', on obtient une représentation logarithmique en ordonnée, et si l'on tape 'Maj+L', on obtient une représentation logarithmique en la coordonnée la plus proche du curseur de la souris. Pour plus d'info sur les raccourcis :
 * <code> man gnuplot </code>
 * [[http://www.gnuplot.info/documentation.html|La doc officielle de Gnuplot]]

=== Autre exemple très simple, depuis le terminal (sans fichier de configuration) ===
Tapez :
<code>
gnuplot
</code> 
Puis :
<code>
gnuplot> set terminal png
gnuplot> set output "exemple_1.png"
gnuplot> set title "Mon titre"
gnuplot> plot [t=-4:4] sin(t), cos (t)
</code>Vous obtenez :

{{ gnuplot:exemple_1.png?direct&300 }}\\ 
<note>Le fichier obtenu (exemple1.png) est situé dans votre "$HOME"</note>
\\

^ Code ^ Convention ^
| x, y| Coordonnées cartésiennes, pour de la 2D|
| x, y, z| Coordonnées cartésiennes, pour de la 3D|
| r| Coordonnées polaires, pour le rayon vecteur|
| t| Coordonnées polaires, pour l'angle vecteur (compris entre [0:2*pi])|
|u, v| Coordonnées paramétriques|
==== Avec un fichier de configuration ====

En fait Gnuplot est un logiciel extrêmement puissant pour la représentation de données, puisqu'il est conçu pour être lancé à partir de scripts. On peut donc dans un fichier de configuration, rentrer des lignes de commandes Gnuplot qui permettent d'effectuer des actions en cascades sur un même fichier de données. 
 
<note>
Il serait peut-être bien de référencer ici les lignes de commandes principales pour faire de jolies représentations graphiques. Si vous êtes expert, merci de contribuer. Sinon, vous pouvez aller vous renseigner sur le web et faire part de vos découvertes ici. </note>

il est possible de donner un nom aux axes et un titre au graphique en envoyant la commande :

<code>
gnuplot load nom_du_fichier_config 
</code>

Ce fichier pourrait par exemple contenir :

<code>
set terminal jpeg
set output "Gnuplot1.jpg"
set title ' Flux en fonction du temps: '
set xlabel ' Temps (jj/mm)'
set ylabel ' Flux '
set xdata time
set timefmt "%Y-%m-%d"
set xtics format "%d-%m"
plot "flux.dat" using 1:2 with lines,\
 "flux.dat" using 1:3 with lines
</code>
Fichier "flux.dat" (l'extension n'a pas d'importance) :
<file>
2014-11-10 151 105
2014-11-11 140 91
2014-11-12 148 91
2014-11-13 158 114
2014-11-14 144 96
2014-11-15 169 106
2014-11-16 184 112
2014-12-01 157 106
2014-12-08 120 86
2014-12-10 130 89
2014-12-12 147 8</file>
{{ gnuplot:gnuplot1.jpg?direct&300 |}}

===Autre exemple pour un graphique en 3D=== 
<note tip>
Pour les graphiques en **2D**, la commande est : "**plot** xxxx xxxxx",
mais pour les graphiques en **3D**, il faut utiliser : "**splot** xxxx xxxxx".
</note>
Créer le fichier, avec la fonction :
<file>
set terminal jpeg
set output "gnuplot2.jpg"
splot [-4*pi:3*pi] cos (x), sin (x)
</file>
Sauvegardez le fichier, puis 
<code>
gnuplot
gnuplot> load "gnuplot2.gnu"
</code>
Voici le résultat :
{{ gnuplot:gnuplot2.jpg?direct&300 |}}

Autre exemple :
\\ 
Fichier avec données :
<file>
set terminal png
set output "essai1.png" # Nom du fichier de sortie
set title textcolor rgb "red" "Mon exemple" # Titre du graphique, de couleur rouge
set xlabel "Mes données 1" # Nom de l'axe x
set ylabel textcolor rgb "green" "Mes données 2" #Nom de l'axe y, de couleur verte
set zlabel offset +5,+4 "Mes données 3" # Nom de l'axe z et repositionnement au-dessus
r(x,y)=sqrt(x**2+y**2)
f(x,y)=sin(r(x,y))/r(x,y)
set pm3d # Colorisation de la surface
set hidden3d # Masquage du quadrillage
set isosamples 80,80 # Dimensionnement des entre-axes de la surface
splot f(x,y) with pm3d at s # Création du graphique 3D, avec splot
</file>
Puis :
<code>
gnuplot
gnuplot> load "mon_fichier.gnu"
</code>
Voilà :
{{ gnuplot:essai3.png?direct&300 |}}
\\

==== À partir d'un programme en C  ====

Voici un exemple en deux fichiers, l'un pour le code C :

<file C gnuplot.c>
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>

#define GNUPLOT_PATH "/usr/bin/gnuplot"

int main()
{
        FILE *gp;

gp = popen(GNUPLOT_PATH, "w");
        if(gp == NULL){
            fprintf(stderr, "Oops, I can't find %s.", GNUPLOT_PATH);
             exit(EXIT_FAILURE);
        }
        fprintf(gp, "cd '~/Desktop'\n load \"config\"\n");
          fflush(gp); /* On oublie pas le buffer. */
          getchar();
          pclose(gp);

exit(EXIT_SUCCESS);
}

</file>

Dans la 7eme ligne de main, on demande à gnuplot d'exécuter des instructions.
D'abord il change de répertoire, puis il charge le fichier config.

Vous aurez compris que config est l'autre fichier, il contient des instructions gnuplot. Par exemple :

<file bash config>
# fichier modèle d'utilisation de gnuplot
# vous pouvez aussi l'utiliser simplement en faisant en ligne de commande :
# gnuplot monfichier

set terminal X11
set size 0.8,0.8
set nokey

set xrange [-0.1:10]
#set yrange [0:110]
M=3
k=3
plot (1-exp(-k*x))
pause -1 "Faire retour" # permet d'attendre que l'utilisateur ait vu la figure quand on fait une sortie X11
</file>

Les lignes commençant par # sont des commentaires. Copiez ce fichier sur votre bureau et appelez-le config.

====À partir d'un programme en Python ====
Il faut utiliser le module http://gnuplot-py.sourceforge.net/

Exemple de génération d'un PNG contenant 3 courbes en utilisant la fonction **_add_to_queue** :
<file python gnuplot.py>
#!/usr/bin/python

from numpy import *
import Gnuplot, Gnuplot.funcutils

g = Gnuplot.Gnuplot(debug=1)

a = Gnuplot.Data(([1,1], [2,2], [3,3]),title="A") 
b = Gnuplot.Data(([1,1], [2,4], [3,9]),title="B") 
c = Gnuplot.Data(([1,0.5], [2,1], [3,1.5]),title="C")

g('set output "/tmp/myGraph.png"')
g('set terminal png small ')
l = []
for i in (a,b,c):
    l.append(i)

g._add_to_queue(l)
g.replot()

</file>

===== Complétion Bash et historique ======

==== Démarche ====

Ces deux options ne sont pas mises par défaut dans Ubuntu, car Gnuplot est disponible sous une licence spéciale, qui interdit sa distribution après modification. Il serait ainsi illégal de mettre ici un lien vers un paquet compilé à partir des sources de Gnuplot. Par contre, ce tuto est tout à fait autorisé, et vous avez le droit de suivre ses instructions pour une utilisation personnelle du logiciel !

Pour activer la complétion et l'historique de Gnuplot en mode terminal, il vous faudra télécharger les sources du logiciel, puis les compiler avec les options nécessaires, en faisant bien attention aux dépendances requises. Vous obtiendrez alors un nouveau paquet qu'il vous suffira d'installer sur votre distribution. Enfin, il faudra bloquer la version de votre nouveau Gnuplot, afin que vos gestionnaires de mises à jour ne détruisent pas votre travail à chaque mise à niveau.

==== Sources ====

Tout d'abord, si ce n'est pas déjà fait, [[tutoriel:comment_modifier_sources_maj|ajouter le dépôt-source]] **[[depots#universe_et_multiverse|universe]]** dans vos dépôts.

On peut maintenant obtenir les sources du logiciel. Se placer dans /usr/local/src (ceci n'est pas obligatoire) et y télécharger les sources de **Gnuplot** : 
<code> cd /usr/local/src
sudo apt-get source gnuplot
</code>

==== Nouveau paquet Gnuplot ====

Tout d'abord, [[tutoriel:comment_installer_un_paquet|installer]] la bibliothèque **[[apt://readline|readline]]** et les dépendances qui permettront de compiler le paquet Gnuplot avec les options de complétion et d'historique : [[:tutoriel:comment_installer_un_paquet|installez les paquets]]
**[[apt://libreadline5|libreadline5]] [[apt://libreadline5-dev|libreadline5-dev]] [[apt://ibxt-dev|ibxt-dev]] [[apt://libgd2-noxpm-dev|libgd2-noxpm-dev]] [[apt://debhelper|debhelper]] [[apt://texinfo|texinfo]] [[apt://tetex-bin|tetex-bin]] [[apt://tetex-extra|tetex-extra]]**.

<note>Dans une dernière utilisation de ce tuto, j'ai du ré-installer **gcc**. Ça m'a semblé bizarre que ce dernier ne soit pas par défaut dans cette Xubuntu Dapper Drake.</note>

Puis aller dans le répertoire /etc/apt/src/gnuplot-*.*.*/debian/ (les étoiles correspondant à la version) : 
<code>
cd /usr/local/src/gnuplot-*.*.*/debian/
</code>

[[:tutoriel:comment_editer_un_fichier|Éditer le fichier]] **rules**.

et remplacer l'option --without-gnu-readline par --with-readline=gnu. Ceci active la complétion. Pour l'historique, ajouter dans la même ligne l'option : --enable-history-file.

On obtient ainsi le paragraphe : 
<code>
config.status: configure
	dh_testdir
	# Add here commands to configure the package.
	./configure $(confflags) CFLAGS="$(CFLAGS)" \
	 --prefix=/usr --mandir=\$${prefix}/share/man \
	 --infodir=\$${prefix}/share/info \
	 --datadir=\$${prefix}/share/gnuplot \
	 --libexecdir=\$${prefix}/lib/gnuplot \
	 --with-readline=gnu --enable-history-file --without-lasergnu \
	 --with-png --with-gd --without-lisp-files \
	 --without-linux-vga --with-gihdir=\$${prefix}/share/gnuplot
</code>

Remonter dans le dossier père et compiler le paquet : 
<code>
cd ..
sudo dpkg-buildpackage 
</code>

Il est tout à fait possible qu'il vous manque encore des dépendances. Dans ce cas, le compilateur stoppe au bout de très peu de temps. Il vous suffit alors de lire attentivement les messages d'erreurs pour savoir quelles dépendances vous manquent, les [[tutoriel:comment_installer_un_paquet|installer]], et recompiler. La compilation prend quelques minutes (selon les architectures...). Merci de signaler d'éventuelles difficultés.

==== Installer le nouveau paquet ====

Remonter encore d'un dossier et installer le nouveau paquet :

cd ..
  sudo dpkg -i gnuplot-*.deb

Les fichiers .deb sont les fichiers du nouveau paquet Gnuplot. Conservez-les précieusement, car Gnuplot rentre désormais en conflit avec vos gestionnaires de mises à jour. En effet, ils considèrent que votre nouvelle version de Gnuplot est antérieure à celle disponible dans les dépôts. Il est possible que par une fausse manipulation vous remettiez à jour Gnuplot. Vous perdriez alors la complétion et l'historique. Vous pourrez les remettre en service grâce à :

cd /usr/local/src/
  sudo dpkg -i gnuplot-*.deb

==== Bloquer les mises à jour ====

Voici une solution possible pour geler le paquet gnuplot à son état actuel. Il existe certainement d'autres manières, peut-être plus simples. Merci d'en faire profiter tout le monde.

Jusqu'à [[:hardy]], poser un 'hold' sur les paquets Gnuplot dans [[aptitude]] ou  [[Synaptic]], ne résoud pas le problème : gnuplot-nox apparait systématiquement dans le gestionnaire de mise-à-jour (quel qu'il soit). La solution : dselect.

Il n'y a pour l'instant pas de doc sur dselect sur ce site web, c'est pourquoi la méthode ci-dessous reste encore assez mystérieuse.

Dans un terminal, taper :
<code>
sudo dselect
</code>

On obtient l'interface suivante :

<code>
Debian `dselect' package handling frontend.

0. [A]ccess    Choose the access method to use.
   1. [U]pdate    Update list of available packages, if possible.
 * 2. [S]elect    Request which packages you want on your system.
   3. [I]nstall   Install and upgrade wanted packages.
   4. [C]onfig    Configure any packages that are unconfigured.
   5. [R]emove    Remove unwanted software.
   6. [Q]uit      Quit dselect.

Move around with ^P and ^N, cursor keys, initial letters, or digits;
Press <enter> to confirm selection. ^L redraws screen.

Version 1.13.11 (i386).

Copyright (C) 1994-1996 Ian Jackson.
Copyright (C) 2000,2001 Wichert Akkerman.
This is free software; see the GNU General Public Licence version 2
or later for copying conditions. There is NO warranty. See
dselect --licence for details.
</code>

* Se placer sur la ligne 2. (avec les flèches directionnelles ou en tapant sur 'S'). 
   * Taper 'Entrée'. 
   * Taper sur la barre d'espace pour quitter l'aide.

Vous êtes maintenant dans le gestionnaire de paquet dselect :

* Taper '/' (Maj+'/') pour effectuer une recherche
   * Rechercher 'gnuplot'
   * La touche 'n' permet de se déplacer d'un package contenant la chaine de caractère 'gnuplot' à un autre. Se déplacer jusqu'à ces trois lignes :

<code>
 ─────── Up-to-date Optional packages in section universe/math ───────
 *** Opt universe gnuplot 4.0.0-2.1 4.0.0-2.1 A command-line driven interactive plotting program
 *** Opt universe gnuplot-nox 4.0.0-2.1 4.0.0-2.1 A command-line driven interactive plotting program
 *** Opt universe gnuplot-x11 4.0.0-2.1 4.0.0-2.1 X11-terminal driver for gnuplot
 </code>

Les trois étoiles en début de ligne marquent l'état d'installation des packages.   Il s'agit maintenant de les bloquer à la mise à jour.

* Se placer sur chacune des lignes et taper « = ». Cette action « hold » les packages à leur version actuelle
 * On obtient alors : 
<code>
 ─────── Up-to-date Optional packages in section universe/math ───────
 *== Opt universe gnuplot 4.0.0-2.1 4.0.0-2.1 A command-line driven interactive plotting program
 *== Opt universe gnuplot-nox 4.0.0-2.1 4.0.0-2.1 A command-line driven interactive plotting program
 *== Opt universe gnuplot-x11 4.0.0-2.1 4.0.0-2.1 X11-terminal driver for gnuplot
 </code>

Il faut maintenant quitter dselect :
   * Taper « Entrée ».
   * Normalement, on arrive dans l'aide qui vous demande de taper sur « space » pour quitter. Taper sur la barre d'espace.
   * Taper à nouveau sur « Entrée ».
   * On est revenu au menu initial. Descendre à la ligne 6. par les flèches ou en tapant « Q ».
   * C'est gagné. Normalement, aucun des gestionnaires de mise à jour n'accepte de mettre Gnuplot à jour. ;-)

===== Voir aussi =====

* **(en)** [[http://www.gnuplot.info/|Le site officiel]]
  * (fr) [[http://enseignement.ensi-bourges.fr/cours/GNUPLOT/document/gnuplot.html|Cours sur Gnuplot]]
  * (fr) [[http://www.info.univ-angers.fr/aides/tutgnuplot.html|Tutoriel pour Gnuplot]]
  * (fr) [[http://perso.ensta-paristech.fr/~kielbasi/docs/gnuplot.pdf|Aide - mémoire Gnuplot 4.0 de Nicolas Kielbasiewicz]]
  * (fr) [[http://bdesgraupes.pagesperso-orange.fr/UPX/Tutoriels/presentation_gnuplot.pdf|Tutoriel Gnuplot - Bernard Desgraupes - Université Paris Ouest]]
  * (fr) [[http://enseignement.ensi-bourges.fr/cours/GNUPLOT/document/gnuplot.html|Tutoriel Gnuplot]]

----

//Contributeur : [[utilisateurs:laden]].//

Merci de recopier le code ci-contre pour prouver que vous êtes humain : I D F H K Merci de laisser ce champ vide :

Résumé

Note : En modifiant cette page, vous acceptez que le contenu soit placé sous les termes de la licence suivante : CC Paternité-Partage des Conditions Initiales à l'Identique 3.0 Unported