1. copier le fichier .desktop dans ~/.local/share/applications
2. éditer le fichier copié et supprimer la ligne "TryExec=" (je ne sais pas pourquoi, mais si on la laisse, l'entrée de menu n'apparait pas…)
3. éditer le fichier ~/.config/menus/applications.menu et mettre un include là où on veut mettre notre item :

<Include>
	<Filename>Apache Start.desktop</Filename>
</Include>

(les espaces sont autorisés dans les noms)

L'entrée est ajoutée en fin de menu, pour la positionner ailleurs, voir plus bas la définition de l'ordre.

Éditer le fichier ~/.config/menus/applications.menu et y définir le menu ainsi à l'emplacement souhaité (au même niveau que les autres ou entre des balises <Menu></Menu> pour faire un sous-menu d'un menu déjà existant :

<Menu>
	<Name>Serveurs</Name>
	<AppDir>/home/<user>/.local/share/applications</AppDir>
	<Include>
		<Filename>Apache Start.desktop</Filename>
	</Include>
	<Include>
		<Filename>Apache Stop.desktop</Filename>
	</Include>
</Menu>

On peut aussi rajouter un fichier qui va servir à définir différents paramètres pour ce sous-menu : le nom générique, le nom français, un commentaire, une icone particulière, etc. Pour cela, rajouter la directive <Directory>, après AppName par exemple :

<Directory>Serveurs.directory</Directory>

Ce fichier doit se trouver par défaut dans ~/.local/share/desktop-directories/ mais on peut le déplacer grâce à <DirectoryDir> :

<DirectoryDir>/votre/chemin/vers/le/répertoire/ou/il/se/trouve</DirectoryDir>

Une structure de base du fichier correspondant :

[Desktop Entry]
Comment=Lancements des serveurs
Name=Serveurs
Name[fr_FR]=Serveurs
Encoding=UTF-8
Comment[fr_FR]=
Icon[fr_FR]=<chemin absolu vers mon icone>.png
Type=Directory
Icon=<chemin absolu vers mon icone>.png

L'ajout des entrées dans le menu se fait dans l'ordre des inclusions, si on veut mettre les entrées de menu dans un ordre particulier, on fait d'abord les inclusions et ensuite on définit l'ordre grâce à <Layout> :

<Include>
	<Filename>Apache Stop.desktop</Filename>
</Include>
<Include>
	<Filename>Apache Start.desktop</Filename>
</Include>
<Layout>
	<Filename>Apache Start.desktop</Filename>
	<Filename>Apache Stop.desktop</Filename>
	<Merge type="menus"/>
	<Merge type="files"/>
</Layout>

et voila le résultat !

Le menu simple créé ci-dessus :

Un sous-menu créé à partir des raccourcis du bureau, avec leurs icones "dynamiques", adaptées au thème d'icone en cours :

Note : Pour l'icone d'aide ci-dessus, dans le fichier .desktop correspondant on a :

Icon=help

Les directives <Exclude> apparaissant dans le fichier applications.menu peuvent être supprimées : elles ont été créées lors de la suppression d'entrées du menu mais ne servent plus, la plupart des fichiers .desktop correspondant n'existent d'ailleurs plus non plus…